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Cy5是一种发远红(far-red)荧光的花青素荧光染料。它的消光系数很高，荧光很亮，并且对pH不敏感，一般可以用633nm或647nm的激光束激发然后用Cy5或APC滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。Cy5荧光落在远红光区，使用Cy5或者其它远红光染料的一个重要优势是在这个长波长光谱范围内样品背景荧光较低，而在这个区域CCD相机/检测器检测灵敏度最高。Cy5可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子，纳米粒等。

叠氮(azide)是常用生物标记基团。通过点击化学反应，叠氮可以和一系列炔烃(alkyne)或环炔烃(strained alkyne)生成稳定的生物链接。点击化学反应效率很高，可在水相中(也可有机相)快速定量完成(几乎100%产率)，即使在低浓度(μM)和低温(4℃)下也可完成。点击化学反应技术发展很成熟，各种相关试剂商业可得，各种生物标记应用广泛。

Cy5标记后的产物Ex/Em是640/664nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 647，DyLight 649，ATTO 647等。

CAS号	1267539-32-1
分子式	C35H45ClN6O
分子量	601.22
结构式
光谱特性	Ex/Em＝640/664nm (PBS缓冲液)
消光系数(ε)	250000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.2
外观	深蓝色固体
溶解性	易溶于氯仿，甲醇，乙腈，DMF等有机溶剂，微溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• Cy5-叠氮水溶性较低，如需在水相中标记可选择磺化Cy5-叠氮。
  
• 叠氮化合物可被强还原剂(如DTT)还原破坏，使用时务必去除还原剂。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。